药学系办学有近30年历史。目前开设有中药、药学、中药制药技术、药品质量检测技术、药品经营与管理、食品药品监督管理六个三年制大专专业和中药、药学两个五年制高职专业，中药专业是中央财政支持的重点建设专业、湖南省教育厅特色建设专业。
药学系下设有五个教研室、一个药学实训中心和系办、学管办。专任教师41人，其中教授3人，副教授12人；博士2人，硕士21人，“双师型”教师30人，国家执业药师12人，国家执业医师3人，国家职业技能鉴定考评员10人。另聘有行业专家作为兼职教师21人，校外专业建设指导委员24人。近三年来教师发表学术论文136篇，其中国家级核心期刊论文85篇，主持或参与科研项目46项。有专利发明1项、省市级科研成果各1项。
药学系校内、外实践教学基地完备。校内药学实训中心为教育部中央财政支持的中药专业实训基地，建筑面积5000多平方米，经过近几年建设，已形成了高标准、多学科交叉，多专业共享、多功能实施的技能实训教学平台。同时，建有千金药业、九芝堂、华润三九制药、湖南省药检院、湖南省中医药研究院中药研究所、湖南省实验动物研究中心、老百姓大药房、中西医院等校外实习（训）基地60多家。学校设有国家职业技能鉴定所，具备中药调剂员、中药购销员、医药商品购销员、药物制剂工、药物检验工的培训和鉴定资格，员工经过职业技能培训和鉴定，可获得相关的中、高级职业资格证书。
药学系坚持技能型和创新性培养相结合的办学理念，走校企合作、产学结合的办学之路，是公司特色鲜明、人才培养质量高，在全国医药行业有较大影响和知名度的院系。员工连续两年参加全国职业院校技能比赛，均获一等奖；双证获取率达100%；多年来为全国医药行业输送了综合素质高、操作技能强的药学人才近6000名，近三年就业率达98%、专业对口率达95%以上。员工质量好、综合素质高，深受用人单位好评。
药学系与BWIN必赢、湖南中医药大学实行自考本科助学，是BWIN必赢药学专业、湖南中医药大学中药学专业自考“专升本”助学点，也是湖南中医药大学中药学专业对口专升本招生点。
